Свою историю монастырь начинал с общины - Богородице-Михайлово-Архангельская женская община по соседству с казачьим поселком Ачаир появилась в конце 1890-х г. Первой настоятельницей общины стала вдова надворного советника Марина Александровна Махалова. 23 мая 1903 года была освящена построенная в общине каменная церковь в честь Михаила Архангела. Место под строительство нового храма в общине освятил Иоанн Кронштадтский. Вскоре после этого события община была преобразована в женский общежительский монастырь. Землю под строительство монастыря подарил казак Михаил Бубеннов. Средства на строительство монастыря поступали из специально созданного для этих целей фонда императором Александром III. В строительстве храма принимало участие и местное казачество. В 1913 г. новый монастырь благословил архиепископ Андроник. С приходом советской власти все изменилось. В августе 1920 г. была арестована настоятельница монастыря игуменья Евпраксия Рождественская. Церковное имущество было конфисковано и разграблено, и монастырь прекратил свое существование. Сохранившиеся монастырские постройки заняло НКВД. В конце 1930-х гг на территории бывшего монастыря организовали колонию № 8 ГУЛАГа. Заключенных доставляли к месту содержания на подводах и водным транспортом по Иртышу. В колонии единовременно содержалось 800-900 человек. Заключенных, уголовников и «политических», не расстреливали, люди умирали от невыносимо тяжелых условий. Бараки были построены в одну доску, сквозь щели дул ветер, проникали дождь и снег. Такие строения не могли защитить от суровых сибирских зим. Теплой одежды не было, кормили плохо, люди погибали от холода и болезней. Хоронили их здесь же, за стенами лагеря. За 16 лет существования колонии в ней погибло около 200 тысяч человек. Расформировали колонию сразу после смерти Сталина, при этом очень поспешно были уничтожены все документы, архивы лагеря, а здания взорвали. В 1991 году эти края посетил Владыка Феодосий (Процюк). Настоятель Ачаирской Никольской церкви отец Александр (Горбунов) поведал страшную историю обители, показал место нахождения бывшего монастыря, рвы и развалины бараков, оставшиеся в наследство от ГУЛАГа, и сад, посаженный заключенными. Феодосий (Процюк) был потрясен услышанным и принял решение возродить Ачаирский монастырь. Он обратился к руководству соседствующего с поселком зверосовхоза «Речной», с просьбой выделить землю для установки на ней креста в память об умерших без покаяния и молитвы. Директор «Речного» откликнулся на просьбу и в память о своем отце, узнике ачаирской колонии № 8, В.Д. Мещаряков выделил 38 га земли для строительства нового монастыря. 26 октября 1992 г. был установлен закладной крест, и владыка Феодосий (Процюк) совершил панихиду по убиенным и замученным и благословил строительство женского монастыря во имя Животворящего Креста Господня. В сентябре 1993 г. строительство монастыря освятил патриарх Алексий II, посетивший строящийся монастырь. Уже после основания Ачаирского монастыря на его территории был открыт источник минеральной воды./Википедия/